根据流行病学和临诊症状可以作出初步诊断，但需注意与猪流行性腹泻、仔猪轮状病毒感染、仔猪黄痢、球虫病等疾病相区分。确诊需要血清学方法。
①免疫荧光抗体试验。取刚发病的急性期病猪的空肠，制成冰冻切片，用免疫荧光抗体染色，在荧光显微镜下检查，如细胞质内发现亮绿色荧光，即可确诊。注意，下痢初期荧光抗原最多，感染9天后则减少，病料的采集时间必须适当。荧光抗体试验配合组织学检查，其准确性更高。
②酶联免疫吸附试验、微量中和试验、间接血凝试验等，也是本病常用的血清学诊断方法。
预防与控制预防
(1)加强饲养管理由于猪传染性胃肠炎发病率很高、传播快，一旦发病，采取隔离、消毒等措施效果不大。因此，做好平时的饲养管理和消毒卫生工作，搞好圈舍卫生及保温措施，定期消毒，注意不从疫区或病猪场引进猪只，以免传入本病，是最主要的预防措施。
(2)免疫接种传染性胃肠炎是典型的局部感染和黏膜免疫，只有通过黏膜免疫产生的IgA(免疫球蛋白A)才具有抗感染能力，而IgG(免疫球蛋白G)的作用很弱。其免疫大多数是对妊娠母猪于临产前20~40天经口、鼻和乳腺接种，使母猪产生抗体。这种抗体在乳中效价较高，持续时间较长。仔猪可从乳中获得母源抗体而得到被动免疫保护，此谓乳源免疫。该病现在可用传染性胃肠炎弱毒冻干疫苗进行后海穴注射免疫。妊娠母猪于产前20~30天注射2毫升，初生仔猪注射0.5毫升；10~50千克猪注射1毫升；50千克以上注射2毫升。免疫期为6个月。传染性胃肠炎和流行性腹泻二联灭活疫苗，通常在初次免疫3~4周后，需再次进行加强免疫，以使猪获得更强、更持久的免疫力。不少猪场免疫失败的重要原因之一就是忽视了这一点。
(3)人工感染“返饲疗法”如果买不到疫苗，可以考虑采用人工感染“返饲疗法”，使怀孕母猪提前感染获得免疫力，再通过哺乳使仔猪获得被动免疫保护力。将发病仔猪腹泻的粪便或将因腹泻死亡仔猪的肠管，用不能加热至沸的普通豆浆机打浆，连同肠内容物一起拌料，于产前15天以上饲喂怀孕母猪。临产前不足15天的怀孕母猪不能采用“返词疗法”，因为来不及产生有效抗体，不能保护哺乳仔猪。1头仔猪的粪便和肠管可“返饲”3头母猪。
防控
①已感染传染性胃肠炎病毒的怀孕母猪，可经非肠道接种其弱毒苗或后海穴接种其自家灭活苗，其抗体水平可得到很大的提高。临诊上给新生仔猪口服康复猪的血清或全血，有一定的预防和治疗作用。
②在发病时要改善饲养管理，加强护理特别重要，日龄大的猪可很快康复，康复猪可产生一定免疫力。在积极治疗的同时，应该减少饲料尤其是蛋白质饲料的饲喂量，给猪饮温水，以防止脱水；并提高舍内温度，加强消毒，每天1次。
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