医院沙门氏菌感染病人入院10年的回顾分析显示，在名入院病人中，88.1%是15岁以下的儿童。因此，非伤寒沙门氏菌肠胃炎在儿童中仍然是一个重大的医疗负担。医院住院的名肠胃炎患儿中，41%的患儿经培养证实感染了NTS，本研究中使用全基因组测序（WGS）来描述其流行病学并推断了沙门氏菌血清型、抗生素素耐药性（AMR）基因的详细流行病学信息，以及导致儿童需要住院治疗的胃肠炎的常见NTS血清型的特征。
表1
表S1
表1列出了SISTR和SeqSero1之间血清型预测不一致的菌株，而表S1中列出了血清型的详细信息。结合表1和表S1，可以发现传统血清凝集法、SISTR和SeqSero1相比，传统血清凝集法只能确定B、C和D血清组，SISTR和SeqSero1能够推断出所有实验菌株的血清组，但有9个菌株的血清型存在差异。
表2
表2展示了株沙门菌基因型和表型比较。在这个药敏结果中，最常见的表型耐药是氨苄西林（AM）（76.0%）、四环素（T）（60.4%）、环丙沙星（CIP）（56.0%）、氯霉素（25.0%，）和复方新诺明（SXT）（23.0，%）。7%的菌株对第三代头孢菌素（头孢噻肟[CTX]/头孢曲松[CRO]）耐药，1.9%的菌株对阿奇霉素（AZM）耐药（n=1/52）。没有菌株对美罗培南（MEM）耐药（n=4）。总的来说,表型耐药性与耐药基因型的存在高度相关,总体一致性为96.8%（/）。总体灵敏度为96.6%（/），总体特异性为97.0%（/）。
表3
表3展示了SISTRcgMLST和MLST2.0确定的序列型。MLST2.0和SISTR核心基因组MLST（cgMLST）为所有沙门氏菌分离株提供了相同的MLST类型，但一个具有未知序列类型（ST）的菌株除外。三种主要类型为肠炎沙门菌ST11（n=43）、单相变异体鼠伤沙门菌ST34（n=25）和鼠伤寒沙门菌ST19（n=12)。
图1
表4
图1为利用CSI系统发育构建的沙门氏菌SNP系统发育树。表4为肠炎沙门氏菌血清型、单相变异体鼠伤寒沙门氏菌4、[5]，12:i:-血清型和鼠伤寒沙门氏菌血清型中最常见的抗生素耐药表型和基因型组合。
可以看出，CTX-M型超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）基因存在于6个分离株中，在鼠伤寒沙门氏菌（n=1）或其单相变异体（n=3）或肠炎沙门氏菌（n=2）中分别有blaCTX-M-55（n=4）、blaCTX-M-64（n=1）和blaCTX-M-65（n=1）。1株鼠伤寒沙门菌携带碳青霉烯酶基因blaNDM-1。一株肠炎沙门氏菌携带粘菌素耐药基因mcr-1。
对于肠炎沙门菌，所有的分离株ST11仅检测到一个PMQR基因的qnr基因，45株肠炎沙门氏菌均存在QRDR的gyrA点突变除ST株外。在21个分离株中，最常见的AMR基因谱是blaTEM-1B、gyrA、strA、strB和sul2。4个分离株含有tetA与blateM-1B、gyrA、strA、strB、sul2和tetA，产生五种耐药模式ACSSUT（氨苄青霉素[A]、氯霉素[C]、链霉素[S]、磺胺[Su]和四环素[T]）。
在鼠伤寒沙门菌单相变异4、[5]、12:i:-分支中，大多数具有blaTEM–1B、strA、strBsul2和tetB的AMR基因谱，其中36%(9/25)的菌株对氨苄西林、链霉素、磺胺和四环素(ASSuT)四种耐药，2株具有ACSSuT耐药模式。
而鼠伤寒沙门氏菌菌株携带更多的异质性AMR基因谱，并分布在8个不同的AMR基因型谱中，其中30.8%（4/13）的分离株基因属于aadA1、aadA2、blaTEM-1B、cmlA1、dfrA12、floR、qnrS1、sul2、sul3、tet(A)和tet(M)基因谱。
表5
表5为儿童沙门氏菌胃肠炎及其相关血清群的特征（n=）。大多数儿童主诉发热（99%）、腹泻（94%）、大便粘液（55%）或带血（35%）、腹痛（46%）和呕吐（43%）。B组沙门氏菌感染以≤24月龄婴儿居多（77.3%;34/44）;而＞24个月的小孩则感染D群沙门菌为主（56.5%;26/46）。
本研究表明，鼠伤寒沙门氏菌血清型及其单相变异体4，[5]，12：I：–在2岁以下的婴儿中很常见，这可能与婴儿断奶期间父母喂混合了熟猪肉末的粥有关。有关研究表明，中国内地与香港相比，因NTS住院的儿童对头孢曲松和亚胺培南的耐药率更高，因此迫切需要对沙门氏菌血清型中的耐药基因进行更广泛的监测。
因此，多重耐药的肠炎沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌及其单相变异体是引起幼儿需要住院治疗的胃肠炎的最常见血清型。使用SISTR进行基于WGS的血清分型结合cgMLST和AMR测定的优点，以促进公共卫生监测。迫切需要对产ESBL和碳青霉烯酶的沙门氏菌血清型进行更广泛的监测。
撰写：杨婷审稿：吴丽娟博士副主任技师spectrum.-21沙门MargeretIP.pdf
spectrum-21_supp_1_seq5.pdf
spectrum-21_supp_2_seq6.xlsx
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