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近年来随着精准医学的快速发展，很多新型靶向药物为许多肿瘤患者带来了治疗的新希望。针对每个肿瘤病人的特征采取针对性的个性化治疗方案，已经成为目前治疗肿瘤的最新手段，并成功治疗大量的肿瘤患者。年8月15日，在医院肿瘤科一病区宗红主任的带领下，在郑大一附院肿瘤科、病理科、郑州大学精准医学中心、郑州大学动物中心、和瑞基因、燃石医学等多个团队的支持下，我们成立了医院分子肿瘤委员会MolecularTumorBoard(MTB)并召开了第一次会议，目的是为患者临床精准治疗提供分子决策支持，推进基于二代测序（NGS）的生物标志物的临床应用和研究，通过MTB讨论推动精准的肿瘤诊断和治疗。
MTB会议汇集了由病理学家，肿瘤学家，生物信息科学家，医学遗传学家，肿瘤基础和临床试验团队组成的多元化、多学科的小组成员，共同讨论临床患者NGS检测结果，并对患者的治疗各抒己见。讨论内容包括临床最佳治疗决策，基于特定突变谱的临床建议，临床试验匹配以及对医学遗传学的推荐。并且随着临床最佳实践的发展和新的治疗选择的出现，更新的建议将被分发给患者的治疗团队。今后，MTB会议将每2-4周召开一次会议。
参与本次MTB会议的有医院肿瘤科：宗红教授、靳水玲博士；病理科：姜国忠教授；郑州大学精准医学中心：史建翔副主任，秦亚平博士、黄琴琴博士、姜伟博士、杨增光博士、冯帅生博士、柳丹华博士；郑州大学动物中心：石晓静教授；和瑞基因：高芸医学总监，白健生信总监，秦立汉博士，苏晓星生信工程师，柳焱生信工程师，张文娟博士；燃石医学：张周生物信息总监，李海燕经理，周剑南博士等。
本次会议对3例难治性结直肠癌患者的精准治疗进行探讨，由医院肿瘤科靳水玲博士介绍了患者的基本诊治情况和基因检测结果。
案例一
直肠癌患者，基因检测指导后线治疗选择，提示预后较差
患者病史：
患者58岁，19年7月直肠癌根治术，术后化疗5个月；病理诊断为腺癌，浸润至浆膜外脂肪组织，淋巴结转移4/21，免疫组化：CD4（-），CD8（-），CD3（-），MSH2（+），MSH6（+），NLH1（+），PMS2（+），PD-1（-），PD-L1（-），Her-2(1-2+)。临床诊断pT3N2M0KRAS突变MSS型（有神经侵犯）。术后行奥沙利铂+卡培他滨方案化疗6周期，末次化疗时间：.12.19。
年1月肿瘤标志物增高，伊立替康＋卡培他滨方案化疗，后因疫情在家自行口服卡培他滨。
-5月复查考虑肝转移，疾病进展。.05.11行“伊立替康mgD1，D8+雷替曲塞5mg方案化疗4周期，复查疾病进展。
患者基因检测结果：
患者组织检出多个基因变异，包括KRAS，APC，TP53，SMAD4等。基于NCCN指南，针对晚期复发转移的患者一线治疗如果携带RAS/BRAF激活变异，不推荐抗EGFR单抗治疗。
讨论问题：
1.该病人有HDAC1突变，它在肿瘤的发生、发展中发挥什么样的作用？
2.报告中显示HDAC1是无义突变？该突变到底是否有治疗价值？
3.该患者可以采用什么样的靶向精准治疗策略？
和瑞基因的秦立汉博士针对案例进行了基因检测报告的解读和上述问题进行了解答如下：
01
该病人有HDAC1突变，它在肿瘤的发生、发展中发挥什么样的作用？
HDAC1基因位于人染色体1p35.2，该基因编码一种组蛋白去乙酰基酶(HistoneDeacetylase,HDAC)，在具有HDAC2,HDAC3和HDAC8的家族中被称为I类HDAC。组蛋白脱乙酰基酶，去除了组蛋白或非组蛋白细胞底物上相关赖氨酸氨基酸的乙酰基，改变了表观遗传状态和基因转录。HDAC1活性调节细胞的凋亡、细胞周期、DNA损伤反应和转移。此外，HDAC1使抑癌基因和癌基因(包括TP53，HIF-1a，MLL和NF-kB)去乙酰基化影响其活性。
临床前模型中的HDAC1表达抑制可导致抗增殖作用、p21和p27的诱导以及几种细胞周期蛋白和细胞周期蛋白依赖性激酶的抑制(PMID:)。在脂肪肉瘤患者中发现了HDAC1体细胞突变(PMID:);然而，这种改变在人类癌症中很少见。
HDAC1表达增加与胃癌和卵巢癌等多种肿瘤类型的不良预后相关(PMID:)。多种HDAC抑制剂已获得FDA批准，可用于治疗多种癌症，包括伏立诺他(皮肤T细胞淋巴瘤)，罗米地辛(皮肤T细胞淋巴瘤)，Panobinostat(多发性骨髓瘤)和belinostat(周围T细胞淋巴瘤)。其他适应症的HDAC抑制剂和其他抑制剂目前正在临床前和临床试验中(PMID:)。
虽然目前FDA批准的HDAC抑制剂尚未出现肠癌的适应症，西达本胺把HDAC抑制剂，从血液肿瘤带入实体瘤；而即将进入II期临床试验的HDAC抑制剂MPT0E，入组条件是晚期的实体瘤，所以HDAC抑制剂对于肠癌患者的疗效指日可待。
02
报告中显示HDAC1是无义突变？该突变到底是否有治疗价值？
HDAC1由的胺基酸组成，组蛋白去乙酰基酶结构域(25-)。而病患是HDAC1无义突变(W*)，W后的胺基酸无法转译，影响组蛋白去乙酰基酶功能域，可能造成HDAC1的去乙酰化作用丧失，因此此病患使用HDAC抑制剂的治疗价值就更低了
03
该患者可以采用什么样的靶向精准治疗策略？
KRAS突变新药Onvansertib闪亮登场，已获FDA快速通道认定!
化疗联合靶向药物是转移性结直肠癌患者的标准治疗选择，一线反应率50%。在二线治疗中，化疗联合靶向药物的疗效要低得多，对FOLFIRI+贝伐单抗方案的应答率仅为5%。迫切需要新的治疗方案，尤其是对于50%的具有KRAS突变的结直肠癌患者。
Onvansertib是一种新型的，具有高度选择性的PLK1抑制剂，当与伊立替康联合使用时，效果更好。有一项onvansertib+FOLFIRI+贝伐单抗治疗结直肠癌的二线研究，入组了9名患者，结果显示，疾病控制率高达(DCR)89%(8/9)，客观缓解率(ORR):44.4%(4/9);4例患者达到PR(部分缓解)，4例患者达到SD(疾病稳定)。
FDA已授予PLK1抑制剂onvansertib(РCM-)快速审批通道，用于KRAS突变的转移性结直肠癌(mCRC)患者的二线治疗。
因此新药onvansertib+伊利替康+贝伐珠单抗可能是患者二线的新选择。
另外患者还存在CSF1R基因突变，在REGONIVO研究的后续分析当中发现瑞戈非尼对CSF1R具有抑制作用，因此瑞戈非尼也是可选药物。
秦立汉博士还指出，APC+KRAS+SMAD+TP53突变同时存在在肠癌患者和瑞基因大数据平台LiGHTEN:占4.07%，是显著的不良预后因素，这也解释了这名患者为什么临床一线、二线治疗疗效不佳的原因。
和瑞基因提出在患者肿瘤负荷高、疾病进展的时候，采外周血也可以测到更多的有益的信息，是一个可选择的检测手段。
燃石医学张周和周剑南博士对这个案例的解读进行了补充：
燃石医学张周博士解释说，无义突变并不是没有用的，无义突变会造成蛋白质翻译提前终止。对于验证无义突变可以用组织标本，从RNA及蛋白水平验证。
周剑南博士指出，APC在散发性结直肠癌（CRC）中存在高频突变，其突变频率可达40~90%[cbioportal.org]。APC预后价值与其突变类型、个数及其共突变相关。APC野生型预后劣于携带APC单个突变的CRC患者;而携带APC双突变且合并KRAS、TP53共突变的CRC患者预后最差。另外，患者检出SMAD4失活性突变，可能是部分GI肿瘤如结直肠癌的预后因子。对例结直肠癌样本的靶向测序分析显示，APC、TP53、KRAS、SMAD4突变与MSI-H显著负相关，而与远处转移正相关(SchellMJ,NatureComm.)。患者的基因突变谱可能是患者治疗疗效较差的原因。
靳水玲博士提出对于这个患者后期肺、肝都有病灶，检测时取哪个部位更好？郑州大学动物中心石晓静教授认为若能取肝的病灶更便于建小鼠PDX模型。
案例讨论及启发：
1.患者检出变异尚无临床意义明确的已获批靶向药物推荐。HDAC1抑制剂还处于临床前研究阶段，且针对的是HDAC1过表达，对该患者HDAC1突变不适用。针对KRAS突变，新药onvansertib+伊利替康+贝伐珠单抗可能是患者二线的新选择。
2.患者检出的APC，TP53，KRAS，SMAD4突变与不良预后有关。这也解释了这名患者为什么临床一线、二线治疗疗效不佳的原因。
案例二
直肠癌患者检出BRAFVE突变，靶向治疗后基因检测揭示耐药机制
患者病史：
患者男，28岁，乙状结肠癌术后20天为主诉入院。
于年08月12日在全麻下行“机器人辅助下直肠癌根治术。
术后病理：1.（直肠）黏液腺癌，浸润全层，可见脉管内癌栓，两切端未见癌；淋巴结见癌转移（10/15）。免疫组化结果：CK7（部分+），CK20（+），CEA（+），Ki-67（约70%+），MLH1*（约95%+），MSH2*（约95%+），MSH6*（约95%+），PMS2*（约60%+）。2.腹水灌洗液中发现癌细胞
诊断：乙状结肠癌术后pT3N2M1（腹腔转移），BRAFVE突变，MSS型
一线治疗：FOFOXIRI化疗一周期，BEV+FOFOXIRI化疗7周期；一线PFS5个月。
二线治疗：.01.16维罗菲尼和西妥昔单抗+伊立替康（VIC方案）治疗两周期（作为过渡，等待国外购买的康奈非尼和比美替尼）。-03-02开始西妥昔单抗mg+encorafenib4片/天，binimetinib早3片晚3片。二线PFS5个月。
肿瘤标志物再次升高，.06.02PET-CT结果如下：
三线治疗：美国专家会诊建议白蛋白紫衫醇+顺铂d1,8/q21，在行第8天化疗前复测肿瘤标志物飙升：CA:U/ml，CA:U/ml（8天前CA:U/ml，CA:77U/ml）。
患者基因检测结果：
患者共进行三次NGS基因检测，结果如下：
讨论问题：
1.病人治疗之初就同时存在FGFR1基因融合、BRAFvE突变，那么治疗应该怎么选择？同时抑制FGFR1、BRAF通路，还是选择一个主要通路？怎么判断哪个基因发挥的作用为主？
2.FGFR1基因融合和扩增哪个更有意义？
3.如果病人再次耐药，再行NGS检测，如何探索发现耐药机制？
燃石医学的周剑南博士针对案例进行了基因检测报告的解读和上述问题进行了解答如下：
周剑南博士指出BRAF突变靶向治疗已在肠癌NCCN指南推荐，纳入依据是Beacon研究III期临床试验，康奈非尼联合西妥昔单抗±比美替尼治疗BRAFVE突变患者，中位生存期达9.3个月，显著高于对照组5.9个月。该患者二线治疗才用了当时指南推荐的康奈非尼+西妥昔单抗+比美替尼三联治疗方案，获得了5个月的PFS，疗效明显。
而患者浅表淋巴结穿刺组织在耐药后检出BRAF2-10号外显子的缺失（exon2-10del），之前有研究报道可能为抗BRAF抑制剂耐药机制。今年7月份冷泉港MolecularCaseStudies报道首例肠癌患者RAF、EGFR抑制剂治疗后，出现BRAFN端缺失。该患者为一例40岁女性结肠癌患者，手术治疗7个月后出现肝转，肝转灶检出BRAFVE，后进行伊立替康+西妥昔+维罗非尼治疗，疗效PR。6个月后出现腹壁肿物进展，穿刺检出BRAFexon2-10del。与本案例患者耐药机制类似。
年一篇案例报道了一例黑色素瘤患者达拉非尼+曲美替尼耐药后检出BRAFexons2-8deletion，也提示BRAFN端缺失为BRAF抑制剂耐药机制。（Johnsonetal.PigmentCellMelanoma,）
FGFR1基因融合在多种实体瘤中都有检出，其中，在结直肠癌中仅有0.16%检出，非常罕见。（Cbioportal.org）
FGFR抑制剂在膀胱癌和肝内胆管癌中均已获批，目前已经获批的药物主要针对FGFR融合，因此FGFR融合比扩增更有临床意义。另外，FGFR扩增与肠癌不良预后相关。目前，Pemigatinib治疗携带FGFR变异的晚期不可切除转移性肠癌正在进行[NCT]。选择性FGFR抑制剂Debio(CH)治疗FGFR（1，2或3）变异的晚期实体瘤患者的I期试验正在进行[NCT07]。患者检出的FGFR1融合在肠癌中很罕见，FGFR抑制剂Debio、Pemigatinib等或可尝试。
另外，患者基线即检出BRAFVE突变和FGFR1基因融合，两者均可能是驱动基因，但目前同时抑制FGFR1、BRAF通路在肠癌中未见相关报道。而且，FGFR1融合在肠癌中检出率极低，针对FGFR1融合的靶向治疗在肠癌中尚未获批，因此，可以先针对BRAFVE突变进行靶向治疗。目前患者已经对BRAF抑制剂耐药，FGFR抑制剂Debio、Pemigatinib等或可尝试。
如果病人再次耐药，可以穿刺组织或者抽血再行NGS检测，对比之前的检测结果找出差异基因变化探究耐药机制。
医院病理科姜国忠教授：
经过对患者一次取材标本进行FISH检测，原发病灶即存在FGFR1基因融合，也就是说病人治疗之初就同时存在FGFR1基因融合、BRAFvE突变。
燃石医学张周博士：
患者淋巴结穿刺组织检出多个基因拷贝数变异，提示染色体不稳定，从患者染色体基因拷贝数分布图中，也可以看出染色体多个位点存在拷贝数变异。8号染色体紫色的点即为FGFR1基因，出现了拷贝数的扩增，拷贝数5.3。
案例讨论及启发：
1.该患者肠癌，非常年轻，也很有求生欲望，患者最开始基线组织检出BRAFVE突变，根据肿瘤科建议，二线治疗才用了最新的抗BRAF抑制剂方案，也取得了预期的疗效，提示肿瘤靶向治疗能延长患者无进展生存期。患者进展后淋巴结转移灶基因检测出现BRAFexon2-10del，可能是耐药机制。而肺转移灶并没有检出BRAFexon2-10del耐药机制，也说明了肿瘤的异质性。后线治疗建议不同病灶均进行基因检测，以发现新的耐药机制。
2.患者检出的FGFR1融合在肠癌中很罕见，而且目前已经有多个靶向药物取得了不错的进展，该基因既有FGFR1的融合，同时伴发FGFR1的扩增，FGFR抑制剂Debio、Pemigatinib等或可尝试。但目前相关靶向药物可及性较低，限制了临床应用。该患者转移灶已经成功建立了细胞模型，可以通过体外试验测试该变异对不同药物的敏感性。
3.患者基线肠癌组织因为最初是用的41基因小panel进行NGS检测，并没有检出FGFR1融合。后面转移灶的检测用了基因的大panel进行NGS检测，才检出FGFR1融合，为临床治疗提供了新的靶点和思路，强调了NGS大panel对于患者的临床意义。
案例三
TMB-H/MSS肠癌患者，免疫治疗潜在获益
患者病史：
患者男，65岁，直肠癌术后肝、左输尿管转移9年，来我院就诊。
PS=1分，既往史、个人史、家族史均无特殊。
实验室检查：CEA：7.21ng/ml；CYFRA21-1：4.64ng/ml；CA72-4：16.33U/mlC14：示HP（+）
.05.29复查PET-CT:残肝右份及腹膜后肿大淋巴结代谢活跃，较前新发。
.06.15、.07.04、给予“信迪利单抗+贝伐+奥沙利铂”治疗2周期，复查:SD
.07.25给予信迪利单抗+贝伐治疗(奥沙利铂过敏)。
患者治疗经历总结如下：
患者肝穿刺病灶基因检测结果：
讨论问题：
1.对于多次检测的病人，我们发现了许多突变，如何利用这些发现来探索病人的耐药机制、开展探索性的研究？
燃石医学的周剑南博士针对案例进行了基因检测报告的解读和上述问题进行了解答如下：
目前转移性结直肠癌患者（mCRC）中，高度微卫星不稳定（MSI-H）患者约占5%。与单纯化疗/靶向治疗比较，帕博丽珠单抗一线免疫治疗给MSI-H型mCRC患者带来了临床意义明显的、统计学上也显著的PFS改善，中位无进展生存期(16.5mvs8.2m，P=0.)，24个月无进展生存率(48.3%vs18.6%)。目前指南中已经纳入MSI-H作为肠癌患者免疫治疗的biomarker。但是除了MSI-H之外，TMB也可以成为一个预测免疫治疗疗效的biomarker。
年一项研究纳入MSI-H肠癌患者进行免疫治疗，客观缓解的患者的mTMB为54mut/Mb(range31-91），而无应答的患者的mTMB为29mut/Mb(range13-37)(p0.），两者有显著差异。提示在MSI-H之上，TMB是个潜在的疗效预测因子。（AnnOncol.Jul1;30(7):-）
目前，MSS型肠癌免疫治疗疗效有限，但也有一些个案报道提示免疫治疗在TMB-H/MSS肠癌患者中有效。大样本结果提示MSS患者依然有人可能有较高的TMB。（JGastrointestOncol.Aug;9(4):-）
FDA基于KEYNOTE-研究结果批准了TMB-H（TMB≥10个突变/Mb）作为了K药的第二个biomarker（既往治疗后疾病进展的无法切除或转移性实体瘤患者）。但该研究未纳入肠癌患者。
免疫联合抗血管治疗在MSS肠癌患者中也有相关报道，如REGOMUNE研究：瑞戈非尼联合avelumab治疗实体瘤的II期临床研究——非MSI-H转移性结直肠癌患者研究结果表明，最佳疗效评价为SD的患者有23例（53.5％），PD的为17例（39.5％），中位PFS和OS分别为3.6个月（95％CI：[1.8-5.4]）和10.8个月（95％CI：[5.9-NA]）。
呋喹替尼联合信迪利单抗用于中国难治性转移性结直肠癌患者的治疗结果表明，52例患者中，ORR率为15.38%（8/52），DCR率为57.6%（30/52）。中位PFS为天。其中左半结肠和右半结肠，肺转移与否的PFS无显著差异。患者被分为PFS≥3个月和PFS＜3个月。有以下基因突变的患者PFS显著更低：AMER1(p=0.)，DNMT3A(p=0.0)，ETV5(p=0.)，EWSR1(p=0.)，FANCA(p=0.)，IKBKE(p=0.)，NOTCH1(p=0.)，STAG2(p=0.)和TCF7L2(p=0.)，且有凝血级联复杂性异常的患者(p=0.)和胰腺癌(p=0.)患者的PFS更低。
通过观察ORR，DCR，和生存获益，呋喹替尼和信迪利单抗联用治疗难治性mCRC患者有疗效但是似乎并没带来显著性的提高。可能原因是一些基因突变或移码突变导致的不正常通路影响了其疗效。由此说明，针对这些基因突变和信号通路的靶向治疗或许有利于提高两者联合的疗效。
该患者检出的基因变异，涉及多个信号通路，但尚无临床意义明确的靶向药物推荐。同时，患者检出TMB-H/MSS，提示免疫治疗可能获益，目前该患者进行信迪利单抗+贝伐治疗联合治疗，建议密切随访，观察患者疗效。
案例讨论及启发：
1.患者虽然经历多线治疗，但缺乏前期治疗过程基因检测结果，只有今年5月份肝转移灶的基因检测结果，无法跟前期基因检测结果进行比较，限制了对患者耐药机制的解读。因此，对于多线治疗的患者，建议每一线治疗都进行NGS检测，监控肿瘤克隆进化，发现潜在的耐药机制，以指导后线治疗的选择。
2.患者本次检测检出TMB-H，晚期肠癌患者MSI-H比例较低，因此，如何拓展免疫治疗的应用场景，就成为肠癌免疫治疗的探索方向。目前已经有相关研究表明对于MSS型肠癌患者，如果TMB较高，也可以尝试免疫治疗，或者免疫联合抗血管治疗，也能取得一定的获益。
总结
本次会议持续3个小时，最后宗红教授对本次会议进行了总结，在MTB的活动中，我们通过多元化，多学科的智慧的碰撞，加强不同领域间的交流、相互学习、开阔视野、共同提高、提升我们肿瘤精准治疗的水平、更好的服务患者、同时也希望通过交流能擦出我们相互间科研合作的火花！感谢各位朋友的积极参与、支持！
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